节目中，吴尊、王中磊、贾乃亮和在照顾孩子的过程中，囧态不断，很多网友评价“笑得根本停不下来”。但也有不少网友吐槽：吴尊帮孩子洗澡的时候镜头曝光得太多了，和《爸爸去哪儿》太相似，贾乃亮太演了，剪辑太平了……
对于网友的意见，浙江卫视宣传统筹王征宇表示，《爸爸回来了》这档节目是建立在对所有的家庭真实记录的基础上的，“我们不对爸爸们要做什么、想做什么做任何设计，所以爸爸们在节目中所做的都源于他们真实的状态。”
王征宇介绍，节目组在节目播出当晚，也在微博上做了一个意见搜集和整理帖，“确实有不少网友表示是否孩子们洗澡曝光过度，在听到这种声音后，导演组在后面几天的重播中对镜头重新做了剪辑处理，适当规避。在接下来的拍摄中，会更加注意这方面的问题。”
对于剪辑的问题，节目组回应，因为真实记录，所以有的部分在剪辑上会让大家觉得“略显平淡”，不过真实记录，才让大家看到不同家庭的现状和不同爸爸的性格，“第一期平行剪辑让大家明了每个家庭分别是什么样，接下来，串门等家庭生活都会出现。”
至于为什么要叫《爸爸回来了》，节目组表示：“目前在中国的社会家庭形态下，爸爸的角色确实是缺位的，我们期待这些爸爸能够在节目中逐渐成长，真正做到在家庭生活中‘爸爸回来了’。”
